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§ 5a EStG,Unterschiedsbeträge und Auflösung bei Einbringungen nach § 24 UmwStG,Tonnagesteuerrücklage bei Ausscheiden des Mitunternehmers

Unser Mandant hatte sich an einer Einschiffs-Gesellschaft mit Sitz in Jork (Amtsgericht Tostedt) als Treuhand-Kommanditist beteiligt. Im Jahre 2014 brachte er diese Beteiligung auf Vorschlag einer Unternehmensberatung in eine Holding-Gesellschaft (GmbH & Co. KG) ein, und zwar in der Weise, dass die Komplementär-GmbH dieser Gesellschaft am Ergebnis zu 99 % und er selbst als Kommanditist zu 1 % beteiligt war. Die zugewiesenen Ergebnisanteile wurden nach diesem Maßstab in der Holdiggesellschaft erfasst und versteuert. Die Schiffsbeteiligung selbst hatte schon einige Zeit zuvor zur Tonnagebesteuerung im Sinne von § 5a Abs. 1 EStG optiert. Seit 2016 befand sich die Schiffsgesellschaft in Abwicklung, nachdem Ausschüttungen schon länger nicht mehr erfolgt waren und auch Restrukturierungsbeiträge der Gesellschafter keinen nennenswerten Erfolg mehr gebracht hatten. Für 2016 wurde zunächst der Komplementär-GmbH zu 99 % ein Auflösungsbetrag auf Basis des maßgeblichen Unterschiedsbetrags (§ 5a Abs. 4 EStG) zugerechnet. Wenig später wurde diese Zurechnung wieder rückgängig gemacht. Nachdem die Schiffsbeteiligung abgewickelt war, wurde die Holdinggesellschaft wegen Zweckerreichung im Jahr 2019 liquidiert. Im März 2023 kam nunmehr das Betriebsstätten-Finanzamt der damaligen Schiffsgesellschaft auf unseren Mandanten zu und teilte mit, dass nach dem Ergebnis einer Betriebsprüfung der Unterschiedsbetrag schon im Jahr 2014 aufzulösen und in diesem Jahr unserem Mandanten persönlich zuzurechnen sei, da mit der Einbringung der Beteiligung in die Holdingstruktur der Mandant aus der Schiffsgesellschaft ausgeschieden sei und deshalb zu diesem Zeitpunkt der Betrag noch auf Ebene der Einkommensteuer zu erfassen sei (gestützt wohl auf die Neufassung des § 5a Abs. 4 Satz 3 Ziffer 3 EStG). Der Übergang auf die Holdinggesellschaft stehe einem Ausscheiden insoweit gleich. Dass der Mandant nach wie vor als Kommanditist, wenn auch mittelbar, beteiligt geblieben war, spielt offenbar keine Rolle. Wir sehen vor allem einen Widerspruch zu Ziffer 28 des Tonnagesteuer-Erlasses (BMF vom 12.06.2002, BStBl. I, 614), denn bei der Einbringung in die Holdinggesellschaft war ausdrücklich der Buchwert-Übergang gewählt worden und so auch vom Finanzamt vorgemerkt und danach behandelt worden. Ist die Sichtweise des Betriebsstätten-Finanzamts zutreffend?
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