Bei unserem Mandanten wurde zum 31.10.2018 die Betriebsaufspaltung beendet. Hierzu kam es deshalb, weil die GmbH ihren Geschäftsbetrieb veräußert und sich lediglich unbedeutende Teile zurückbehalten hat. Der Käufer hat die GmbH nahezu unverändert fortgeführt (verbindliche Auskunft des Finanzamts zur Geschäftsveräußerung im Ganzen wurde eingeholt und bejaht). Das zuvor an die GmbH vermietete Grundstück (aktiviert im Anlagevermögen des Besitzunternehmens) wurde somit ins Privatvermögen entnommen und weiterhin an die „neue“ GmbH vermietet, also an den Käufer (andernfalls hätte er den Betrieb nicht fortführen können). Dieser Vorgang führte zur Beendigung der Betriebsaufspaltung. Infolgedessen wurden die stillen Reserven aus dem ins Privatvermögen entnommenen Grundstück versteuert. Ebenso musste die Entnahme des GmbH-Anteils aus dem Betriebsvermögen ins Privatvermögen versteuert werden (Ermittlung: Substanzwert abzgl. voraussichtliche Ertragsteuern von 30 % = „bereinigter Substanzwert“ abzgl. 40 % steuerfrei; 60 % der so ermittelten stillen Reserven wurden der Einkommensteuer unterworfen). Die Versteuerung der stillen Reserven ist also erfolgt. Sowohl beim Besitzunternehmen als auch bei der GmbH handelt es sich um dieselbe natürlich Person, die zu 100 % Alleingesellschafter (Besitzunternehmen) bzw. zu 100 % GmbH-Anteilseigner ist. Nun kommt es zeitversetzt (nach einem Sperrjahr sowie nach einem abgeschlossenen Rechtsstreit) zur Liquidation der „Alt“-GmbH. Und hier wird durch die Liquidation der GmbH (Entstrickung) ggf. nochmals versteuert. Das ist eben die Fragestellung (Doppelbesteuerung?). Nachdem wir nun das Liquidationsanfangs- und -endvermögen ermittelt haben, kommt es zu einer steuerpflichtigen Kapitalertragsteueranmeldung. Frage: Kann in diesem Zug die Versteuerung aus der Entnahme der GmbH-Anteile (im Jahr der Beendigung der Betriebsaufspaltung) auf irgendeine Art und Weise gegengerechnet werden? Kommt es andernfalls nicht zu einer Doppelbesteuerung der GmbH-Anteile (zuerst durch Entnahme ins Privatvermögen und anschließend durch Liquidation)?