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Sonderbetriebsvermögen,GmbH-Anteile,Verflechtung

Die Gesellschafter einer ärztlichen Facharztpraxis (Schwerpunktpraxis) sind Mehrheitsgesellschafter an einer med. Studiengesellschaft in der Rechtsform der GmbH, die im Auftrag Dritter klinische u.a. Studien in der gleichen Fachrichtung, in der die Praxis tätig ist (Onkologie), durchführt. Studienteilnehmer sind sowohl Patienten der Arztpraxis als auch Patienten von Universitäten oder aus anderen Praxen. Zur Teilnahme wird öffentlich aufgerufen und die beauftragenden Veranstalter legen die Studienteilnehmer fest. Es gibt eine räumliche, personelle, organisatorische und finanzielle Trennung zwischen GbR und GmbH. Seither wurden die geringen Ausschüttungen der GmbH bei den Anteilseignern als Kapitaleinkünfte behandelt. Nun will das FA die seither als Privatvermögen behandelten Kapitalanteile der Ärzte als Sonderbetriebsvermögen im Rahmen der Praxis behandeln und nach dem Teileinkünfteverfahren versteuern. Das liefe dann wohl auf Betriebsaufspaltung hinaus. Die GbR (Praxis) müsste dann wohl bilanzieren und hätte gewerbliche Einkünfte? Mit welchen Argumenten kann man das verhindern, und welche Lösungsmöglichkeiten sehen Sie, falls man den Angriff des FA nicht abwehren kann?
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